学校实验室与设备管理处负责仪器采购的审核、建帐登记和检查等工作，制定了一系列设备管理制度，如：校通知〔2016〕142号 东南大学仪器设备管理办法、校实设〔2012〕3号 东南大学低值耐用品管理办法、校通知〔2014〕64号 东南大学网上竞价采购管理办法、校通知〔2013〕4号 东南大学仪器设备处置管理暂行办法、校实设〔2014〕5号 东南大学贵重材料管理暂行办法、校通知〔2011〕128号 东南大学科教用品免税进口货物管理规定、校实设〔2013〕4号 东南大学大型仪器设备操作培训管理办法、校通知〔2011〕67号 东南大学大型仪器设备经费管理办法等。在执行学校各项规章制度的前提下，中心也制度了相应的管理制度，以保障仪器设备的高效使用，包括：生物医学工程实验教学中心仪器设备管理办法、生物医学工程实验教学中心运行经费使用与管理办法、生物医学工程实验教学中心低值易耗品管理制度。

 在建设过程中，中心严格执行仪器设备管理制度，做到责任到人、有章可循，另一方面，注意发挥专职教师的主动性，及时处理仪器设备的维修维护，保证了设备的正常运行和实验教学的顺利进行。新进设备及时在学校建卡入账，做到账账相符，账物相符，账卡相符。日常仪器设备的使用管理落实到人，在用仪器能够实时检修，保证完好使用状态。长期闲置的多余仪器以及需报废仪器、报损仪器，按照学校的有关规定办理调拨、报废、报损等手续。对于重要仪器设备均配有使用记录本，使用人要求填写使用记录，包括使用时间，仪器状况，所做实验概要等。 

 中心鼓励和支持教师开发实验教学仪器。医用电子技术实验室先后完成了基于MSP430F5529 LaunchPad的医学电子教学实验套件和MSP430F6638实验板，教师基于长期科研成果开发了“CT教学仪”，这些自制教学仪器对学生基础能力的提高和创新能力的培养产生了十分有益的效果。  本科生贾浩然同学在吴富根教授指导下，利用SHG光谱仪，对“基于多位点锚定策略的细胞膜修饰技术”进行了系统研究，2016年4月获得江苏省普通高校本专科优秀毕业设计论文一等奖，并以第一作者在Bioconjugate Chemistry（影响因子4.500）和Nanomedicine-Nanotechnology Biology and Medicine（影响因子>5）上分别发表一篇论文。

 教学实验室运行经费由中心与设备管理处统一核算，包括教学设备费、材料消费费、设备维修费和实验室零星修缮费等，用于保证基本实验教学的正常运行，专款专用。大型和批量教学仪器设备的购置、自制教学仪器设备，通过申请专项经费解决。