中心参与研制了《生物医学工程本科专业规范》，《生物医学工程类专业本科教学质量国家标准（草案）》，在此基础上示范中心编写了本科生通过实验教学应达到的专业能力要求，形成了实验课程与学生能力培养标准的关联矩阵，作为对实验室资源配置、实验教学内容和质量评估的依据。 

 中心通过问卷调查、师生座谈、师生课程小结、督导听课、教学委员会检查等方式对教学过程进行全方位监督和指导，对教学效果进行评价，及时总结经验。东南大学制定了“本科教学督导工作条例”，成立校、院（系）两级督导组，承担检查教学运行情况、培养青年教师、考核师资业绩等职能。教学督导和中心负责人通过有计划的听课、座谈、访谈等，采集教学第一手信息，对教学过程进行评价和反馈，及时发现教风、学风、管理等方面存在的问题。对学生反映教学效果有待提高的教师，帮助他们查找不足、分析原因、促其改进；围绕教学理念、教学规范、教学方法等开展首开课培训，提高青年教师的教学能力；组织青年教师授课竞赛，通过指导和评比，选拔优秀教学骨干；对教师的教学能力和教学水平进行综合评价。

  中心重视教学研究，组织教师申报和承担教学改革课题，解决教学中存在的重点、难点和共性问题。组织教学团队，由科研突出、教学经验丰富的专家带头，负责相关方向课程和教学内容的规划、召集研讨会、指导青年教师，保障教学效果，不断提升教学质量。
    在学校、学院相关规定的基础上，中心也结合实验教学与自身的特点，制定了一系列管理规章制度和相应的实验人员岗位职责，包括《生物医学工程实践教育中心培养培训制度》、《生物医学工程实践教育中心仪器设备管理方法》、《生物医学工程实践教育中心学生实验规则》、《生物医学工程实践教育中心教师规则》、《生物医学工程实践教育中心管理人员岗位职责》、《生物医学工程实践教育中心建设与管理办法》等十余项制度措施，以保证中心科学、有效、规范地运行，为师生营造良好的实验环境。