依据教育部《国家级实验教学示范中心管理办法》（教高厅【2016】3号）要求，2023年6月，东南大学存立国家级实验教学示范中心建设与运行管理委员会（校发[2023]114号文），负责制定示范中心运行管理的实施细则，审议并确定示范中心展规划和目标、组织结构等重大事项的调整，审议示范中心建设和经费需求、教学改革与教学运行、人才引进和队伍建设、实验场所和仪器设备等条件保障等方面的重要事项。学院也成立相应的实验室建设和管理工作组，承担本单位实验室建设的相关职责。 在示范中心的建设中，学校和学院将实验室建设和学科建设统筹考虑、统一组织、一体实施。学院在优势学科建设中专门为实践教育中心设置建设经费，明确建设目标。

  示范中心于2017年底成立了第一届中心教学指导委员会，由包括中心主任在内的7位专家组成，其中校外专家5人（含两位行业企业的专家），由前教育部生物医学工程类教学指导委员会委员郑小林教授担任主任委员。示范中心教学指导委员会每年均召开全体会议，对示范中心的规划、管理和建设进行审议。

   学校聘任学院全职教授为中心主任，实行中心主任负责制，中心主任总体负责中心的建设、运行与发展，统筹调配实验教学资源。

     在学校和学院相关管理规定的基础上，中心制定了一系列规章制度，涵盖教学环境、教学资源、教师队伍、安全运行等方面，确保示范中心科学、有效、规范地运行。