结合虚拟仿真中心的特点，学校制定了《东南大学实验室工作规程》、《东南大学实验室建设管理办法》、《东南大学实验室开放管理办法》、《东南大学实验室绩效考评办法》、《东南大学大型贵重仪器设备共享管理办法》、《东南大学虚拟实验技术队伍建设办法》等一系列实验室管理规章制度，拟制订《东南大学虚拟仿真实验中心建设管理办法》，不断加强实验中心建设工作的指导、检查和监督。实验中心将完善《虚拟仿真实验中心实验教学工作规范》、《大型仪器设备共享实施细则》、《网络使用与运行安全须知》等。在日常运行过程中，依据相关规章制度，加强虚拟仿真中心管理，完善制度，定期组织开展虚拟仿真中心的检查工作，实行动态管理，保证虚拟仿真中心有效开展各项工作。