科普基地主要由东南大学土木工程学院进行运行与维护。其中，土木工程学院实验中心负责日常管理，学生科协作为科技志愿者负责参观接待，学院团委负责宣传，同时聘请学院相关专业的老师作为科普顾问对展项进行开发。目前，科普基地配有专职科普人员4人，兼职科普人员25人，科技志愿者42人，已形成一支初具规模的专业技术科普团队，为科普基地提供了人员保障。土木工程学院每年有稳定的经费投入，且实行专款专用，为科普基地提供了经费保障；此外，近年来科普基地运行已形成了一套管理制度，包括开放制度、管理条例、应急预案等，为正常运行提供了制度保障。